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ISSR
发布时间：2022-08-19浏览次数：2723
ISSR/简单重复序列间扩增
ISSR ( inter simple sequence repeat) 又称简单重复序列间扩增 ，是近年来发展起来的一类新型的分子标记技术 。该技术根据植物基因组中丰富的简单重复序列设计单一引物,对基因组DNA进行扩增,利用了RAPD技术的优点和基因组中丰富的SSR序列信息,具有操作简单、可靠性强 、重复性高 、DNA模板用量少 、不需预先设计引物的特点,可用来揭示样本间的遗传多样性。
1)PCR-ISSR实验路线
前期确认阶段：试验样本类型 ，数量，引物，签订试验合作合同;
试验费用：DNA提取30元一个样本 ，PCR+电泳检测15元一个反应 ，分析单独收费(视工作量而定);23个样本 ，10对引物包括引物筛选试验费用大约5000元 。
试验阶段 ：DNA提取，PCR扩增 ，电泳检测
数据分析：和客户详细沟通 ，确认分析方案 ：读取01矩阵;聚类分析;多样性分析;多态位点数(AP) 、多态位点百分率( P) 、平均等位基因数(N a) 、有效等位基因数(N e) 、Nei′s基因多样性指数(H) 、Shannon′s信息指数( I) 、遗传分化度(Gst)等 。利用NTSYS进行聚类分析 。
2)客户提供：
★ 基因组DNA ：
●浓度为50-100ng/μL;(每个位点用2-3LμL,请根据引物数计算总体积)
●2%琼脂糖电泳检测有DNA主带 ，没有降解;
●DNA经过DNA纯化试剂盒或磁珠纯化;
●DNA需溶解在TE或灭菌的去离子水里;
●DNA溶解后 ，肉眼看不到杂色;
★ 植物材料 ： 新鲜组织 ，叶片采用硅胶干燥后或干冰运输;
★ 动物材料： 新鲜组织 ，无水乙醇封存低温运输;